GATK HaplotypeCaller SNP Calling 自动化流程

上传：wowergw 浏览： 25 推荐： 0 文件：SH 大小：7.09KB 上传时间：2019-07-19 07:47:40 版权申诉

使用GATK进行SNPCallling的自动化流程。基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程进行，测试脚本以sra文件为最初输入，将读取文件见内的所有sra文件（视为同一个样本的数据），进行SNPCalling产生GVCF，然后用户可自行进行jointCall