scATAC基准测试:对计算单细胞ATAC seq方法进行基准测试 源码

scATAC基准测试 使用测序(scATAC-seq)进行转座酶可及性染色质单细胞测定的最新创新可对成千上万个单个细胞的表观遗传学特性进行分析。 scATAC-seq数据分析提出了独特的方法挑战。 scATAC-seq实验采样了DNA,由于其拷贝数低(人中为二倍体),导致固有的数据稀疏性(每个细胞检测到的峰的1-10%)与转录组(scRNA-seq)数据(占10-45%)相比每个细胞中检测到的表达基因)。 数据生成中的此类挑战强调需要信息功能以评估染色质水平的细胞异质性。 我们提出了一个基准框架,该框架已应用于来自不同测定方法的13个合成和真实数据集的scATAC-seq的10种计算方法,分