管道GBS:Snakemake GBS管道 源码

管道GBS 基于GBS-SNP-Crop的snakemake管道得到进一步扩展。 配置 管道参数配置在文件中进行 GBS-pipeline_config.yaml (这里有一个示例: GBS-pipeline_config-example.yaml ) 此外,此处定义了对计算集群重要的设置: GBS-pipeline_server-config.yaml (例如: GBS-pipeline_puhti-config.yaml ) 启动管道 在开始管道之前,请确保已创建此文件中定义的相应的conda环境。 GBS.yaml 创建环境后,就可以开始使用了。 要启动管道,只需键入 bash runGBSPipeline-example.sh 您可以通过运行启动空运行 bash runGBSPipeline-example.sh -np 当前状态 该管道目前正在积极开发中,可能无法