CFphage_pipe 源码

Snakemake管道用于处理囊性纤维化分离物以进行噬菌体发现和评估 设置 建议创建新的conda环境,以帮助避免conda包装冲突 conda create -n cfphage_pipe -c bioconda snakemake conda=4.8.4 conda activate cfphage_pipe 用法 对于质量控制 snakemake --use-conda --latency-wait 10 --keep-going --cores 30 qc --configfile config.yaml 用于QC +组装 snakemake --use-conda --latency-wait 10 --keep-going --cores 30 assemble --configfile config.yaml 用于QC +组装+抛光 snakemake --use-con