UniPyRange:从Uniprot DB获取蛋白质/ DNA截短构建体的工具开源

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非常简单的python脚本,省去了从Uniprot和NCBI RefSeq数据库(1、2)中计算fasta文件中氨基酸/ DNA碱基的麻烦。假设您要从1000个氨基酸的蛋白质中获取128-387范围的氨基酸序列-该脚本通过仅向您显示氨基酸中指定的序列并编码DNA碱基对来帮助您避免错误计数(理想的扩增引物设计)指定的Uniprot ID。 -需要BioPython(3)和Bioservices软件包(4)(1)UniProt联盟UniProt:蛋白质信息Nucleic Acids Res的中心。 43:D204-D212(2015)。 (2)RefSeq:哺乳动物参考序列的更新。核酸研究。 2014年1月1日; 42(1):D756-63。 (3)Cock PJ等。生物信息学(2009)(4)Cokelaer等人,生物信息学(2013)