RNA seq workshop:RNA seq workshop 源码

RNA序列工作室 这次RNA-seq研讨会旨在让您开始自己的RNA-seq分析,并假设您已经熟悉bash和R的基础知识。 我们将使用NeSI HPC进行某些分析,因此请确保您拥有NeSI帐户并且能够登录。 浏览讲习班的准备文件,以确保您准备: 研讨会大纲(上午9点至下午4点) RNA序列概述 如何QC一个fastq? 如何修剪序列文件? 修整质量 适配器修整 如何使用HISAT2在参考上比对测序读数 创建参考序列 对齐参考上的读数 定义对齐格式 SAMtools简介 如何获得计数矩阵 什么是注释文件 如何使用featureCount 差异基因表达分析(使用DESeq2,edgeR和Limma软件包) 过度陈述分析(基因本体论) 讨论与跟进 出处通知 用于准备研讨会的材料摘自Assoc。 迈克尔·布莱克教授教授Stat435课程。 UC Riverside整合基因组生物学