rna_seq 源码

rna_seq 概述: 使用和进行比对的RNA-Seq管线(如果是后者则为伪比对)。 参数: -a | --aligner-to-use -a | --aligner-to-use :如果要使用Kallisto,则指定1如果要使用HISAT2,则指定2 。 默认值:Kallisto -i | --input-files-directory -i | --input-files-directory :输入包含FASTQ文件的目录的路径。 -r | --reference-index -r | --reference-index :输入参考索引的路径。 1.如果选择了Kallisto,则输入索引参考转录组的路径(以.idx结尾); 2.如果选择了HISAT2,则输入带前缀的索引参考基因组的路径-o | --output-directory -o | --output-directory :