品种图:稍后 源码

品种图 变异调用并创建图基因组 用于图谱基因组变异调用和构建的管道。 脚本:bash,Nextflow。 工具类 映射:1. BWA-MEM 2. VGtools 变体调用:1. Delly 2. GATK 3. VGtools 图基因组:1. VGtools Samtools,bcftools和BEDtools用于其他任务。 在运行main.nf之前,请使用fastp.nf使用fastp进行修剪和分析。 您可以并行运行所有可用文件以根据可用内存进行修整。 结构变异分析 结构变化(VCF文件)的分析可以在文件夹SVs_identification中找到。 分析由詹妮·雅各布森(Jenny Jakobsson)完成。