GASiC:基因组丰度相似度校正 开源

基于测序的宏基因组学分析的目标之一是对微生物群落组成的定量生物分类学评估。 但是,大多数方法要么以较低的分辨率(例如在门水平)进行量化,要么存在识别高度相似物种的严重问题。 但是,在宏基因组学诊断或社区比较之类的应用中,需要在物种水平上进行准确的定量。 GASiC是一种纠正因基因组相似性造成的歧义的读码比对结果的方法。 它具有优于现有方法的性能。 您可以在此处找到随附的论文:http://nar.oxfordjournals.org/content/41/1/e10.short由于SeqAn团队的出色工作,您现在可以将GASiC用作Knime工作流程:https:/ /github.com/seqan/knime_seqan_workflows/tree/master/metagenomics_gasic_workflow