scvi tools:单细胞组学数据的深度概率分析 源码

(单细胞变体推断工具)是在和基础上构建的用于单细胞组学数据概率模型的软件包。 单细胞组学模型的可用实现 scvi-tools包含几种模型的可伸缩实现,这些模型可促进许多组学中的大量任务,包括: 用于单细胞RNA数据分析的及其改进的差异表达 。 用于使用半标记示例对scRNA-seq数据进行细胞注释。 用于分析CITE-seq数据的 。 用于从scRNA-seq数据推断空间转录组学中的缺失基因。 用于评估scRNA-seq数据中零充气的基因特异性水平。 用于的可解释线性因子模型版本。 用于空间转录组学数据解卷积的。 peakVI用于分析ATAC-seq数据。 (目前支持scVI,scANVI和TotalVI),用于转移从一个单细胞图谱于查询数据集学习。 用于基于参考的scRNA-seq数据注释。 用于在scRNA-seq数据中进行双峰检测的 。 所有这些实现均具有与交互的高级